Способ возникновения новых видов зависит от географического расположения. Большинство видов появляется в результате аллопатрического видообразования (алло — другой, патрис — родина), то есть в результате географического разделения некогда единой популяции. Популяция каким-либо образом делится на несколько групп, каждая из которых идет по своему эволюционному пути, пока они не расходятся настолько, что скрещивание между ними становится невозможным. Известный зоолог Эрнст Майр дал следующее определение термина «вид»:

«Вид — это группа скрещивающихся или обладающих такой возможностью популяций, которая репродуктивно изолирована от других подобных групп».

В небольшой популяции, переселившейся на новое место, могут быстро произойти изменения, связанные с ограниченным количеством особей, такие, как дрейф генов и эффект основателя. Особи этой популяции также ограждены от потока генов со стороны исходной популяции.

Популяции могут разделиться двумя основными способами:

Одна небольшая группа особей (а семена растений или беременная самка) отделяется от остальной популяции, и ее потомки оказываются на новом месте. Например, дарвиновы вьюрки оказались в генетической изоляции не только от исходной популяции, но и друг от друга, поскольку на разных островах образовались их видоизмененные формы.

Географическое явление (например, некий огромный барьер) разделило группу на две подгруппы, которые пошли по своему пути развития. Например, два разных вида североамериканских белок, обитающих по разным сторонам Большого каньона в Колорадо, были некогда одной популяцией, разделенной огромным проломом.